Afin de mener à bien sa mission et d'atteindre ses objectifs, UNITAID fonctionne avec un secrétariat réduit au maximum ses charges, afin de consacrer toutes ses ressources financières à sa mission et à ses résultats.     

Les organes directeur, consultatif et administratif d'UNITAID sont:     
- le Conseil d'administration ;
- le Forum consultatif ;     
- le Secrétariat .