Complémentaire de l'action des organisations internationales ou des instruments déjà existants, UNITAID ne se substitue à aucune des organisations existantes qui contribuent à faciliter l'accès aux médicaments des pays en développement.

Pour développer ses activités sans générer une nouvelle bureaucratie et limiter les risques de redondance avec des organismes et initiatives existantes, UNITAID établit des partenariats avec des organisations reconnues ayant une expérience avérée dans le domaine opérationnel (approvisionnement, négociation des prix, transport et manutention des médicaments, surveillance).

Les partenaires actuels d'UNITAID sont notamment :